Od sredine 1991. do novembra 1995. godine Radovan Karadžić je, prema optužnici Haškog tribunala, djelujući individualno ili u saradnji sa drugima planirao, podsticao, naredio, počinio ili na drugi način pomogao kampanju granatiranja i pucanja iz snajpera na civilna područja Sarajeva. Teror nad građanima Sarajeva trajao je 44 mjeseca. Artiljerijski i snajperski napadi dolazili su velikim dijelom sa položaja na brdima oko i iznad Sarajeva, odakle su napadači imali jasan, detaljan i sveobuhvatan pregled nad gradom i stanovništvom grada.
Civili su napadani na sahranama, u tramvajima, u vrijeme dok su obrađivali baštu, kupovali na tržnici:
„Ova dva dana nismo išli u školu zbog masakra na Alipašinom Polju. Ima 70 ranjenih i devet poginulih. I djeca...“
Od granate ispaljene sa položaja vojske bosanskih Srba na pijacu Markale februara 1995. godine ubijeno je 67 građana Sarajeva, dok ih je 142 teže i lakše ranjeno:
„Mrtvih ima dva puna kamiona i dva puna kombija. Ima 50 mrtvih, čovječe. Nasred pijace, nasred pijace...Sve, tezge, stolovi, sve je to samljeveno, čovječe....Mrtvih koliko hoćeš. Nogu, ruku, glava, crijeva, svega...“
„Sjećam se samo da je ogromna granata pala i da smo se izgubili svi.“
Dok su se igrala u dvorištima, ubijana su i ranjavana djeca:
„Evo, ovdje u nogu, ništa ne boli, samo peče...“
„Kakav je to čovjek koji je pogodio nju od tri godine. Volio bih da ga vidim samo i volio bih samo da sa njim popijem kafu i da mu kažem svaka mu čast u životu kad je uspio da pogodi dijete od tri godine.“
Devetogodišnja Sanela Hasković izdahnula je u naručju majke Saje:
“To mi je scena u očima, nikad ne izlazi, ni danom ni noćom - niti će kad izaći. Nije daleko bila, ni napolju. Uletila je granata u kuću nama direkt, nas je bilo devetoro, 16. maja ’92. Nikad to zaboraviti neću. Bježala odavdje s Bostarica u Buća Potok. U Buća Potoku me stigla, tu su mi je ubili. Nije vala ni 'a' rekla. U mene u krilu.“
Napadi na civile s položaja Vojske Republike Srpske, prema presudama Suda u Hagu, i domaćeg pravosuđa, odvijali su se svugdje i u svako doba dana ili noći. Doživotni zatvor za Stanislava Galića i 33 godine za Dragomira Miloševića najveće su izrečene kazne za opsadu Sarajeva. Za zločine nad sarajevskim civilima Haški tribunal je izrekao dvije presude, a pred domaćim pravosuđem do sada je procesuirano 12 osoba.
Na meti napada bile su i bolnice. Samo na Opću bolnicu u Sarajevu palo je oko 200 projektila. A bila je na stalnoj meti snajpera. Uslovi u bolnicama bili su strašni, prisjeća se direktor Opšte bolnice doktor Bakir Nakaš:
„Bez tehnologije koja je na raspolaganju savremenim sistemima, bez radiološke dijagnostike, bez laboratorijske dijagnostike, bez grijanja, bez mogućnosti osiguranja redovnog snabdijevanja sa medicinskim gasovima, sa lijekovima, energentima.“
Zločini u Srebrenici
Radovan Karadžić je prema optužnici, kao vrhovni komandant, marta 1995. godine uputio snage bosanskih Srba da stvore neizdržljivu situaciju potpune neizvjesnosti koja stanovnicima, između ostalog, iz Srebrenice nije davala nade za daljnji opstanak. Srpske snage su u skladu s tim izdavale naređenja:
„’Ajde, brate, sad pritisni, frka im je, sad pristisni, NATO pakt nam ne može ništa. Oni, kaže, čekaju tebe. Zauzmi najbolje položaje, opleti dole da čujem vukove kako zavijaju.’Ajde!“
Te su snage muškarce, bosanske muslimane, ubrzo nakon zarobljavanja pogubile po kratkom postupku na mjestima gdje su bili zatočeni i na mjestima na koja su ih odvozili na pogubljenje:
„Muško uho nije nijedno prošlo. Uuuj, nejmam više nikoga...“
„I mrtvijeh i udaranja - i svega sam vidio.“
Prema izjavama haških svjedoka, među zatočenicima bilo je i djece:
„I ja sam ponavljala za njim - nemojte, bogati, pa on je '81. godište. Šta će vam on? Njega je zgrabio za ruku, odbacio lijevo. Nije se okrenuo, kaže samo meni: ’Uzmi ti meni, mama, torbu, uzmi...’.“